El templo fue erigido durante los periodos ptolemaico y romano dedicados al culto a la diosa Isis, esposa de Osiris, que se propagó por todo el Mediterráneo, manteniéndose su veneración en el templo de File (Philae) hasta que fue prohibido en tiempos de Justiniano I, el año 535 d.C..
Antes de que fuera sumergida en las aguas de la presa de Asuán, los templos de File fueron desmontados, trasladados y reconstruidos en el cercano islote de Agilkia, que se reconstruyo para que tuviese la misma forma y orografía que el de File.

El santuario es uno de los dos únicos en Egipto que no se encuentran alineados con la puerta de entrada del primer pilono, seguramente por la forma de la Isla de File, esta misma forma se respetó al reconstruirlo en la isla de Agilkia.

El conjunto del templo de Isis dispone de varias edificaciones:

* El vestíbulo de Nectanebo I, con sillares de época de Taharqo
* El templo de Arensnufis, divinidad meroítica. De tiempos de Ptolomeo IV Filópator y Arqamani, rey de Meroe.
* Las columnatas de época de Augusto y Tiberio.
* La capilla de Mandulis, divinidad nubia.
* El templo dedicado a Imhotep, sabio divinizado de la época de Dyeser.
* La puerta de tiempos de Ptolomeo II Filadelfo
* El primer pilono, con los obeliscos de Ptolomeo VIII Evergetes.
* El patio con el mammisi, de Ptolomeo VIII, terminado por Tiberio.
* El templo de Isis, decorado en época de Ptolomeo II, terminado por Augusto y Tiberio.
* El templo de Hathor, de Ptolomeo VI Filómetor y Ptolomeo VIII Evergetes.
* Al oeste está la llamada puerta de Adriano, al pasar por la cual se llega a la capilla principal y al templo de la diosa Hathor, al este del templo de Isis. Los pilares están decorados con escenas de músicos, bailarines y dioses. Al suroeste está el quiosco de Trajano.

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